2010年夏天，克罗斯从勒沃库森租借期满后回归拜仁。赛季初，时任主帅范加尔将他安排在十号位，但随后的7轮联赛中，克罗斯仅贡献一次助攻。直到德甲第10轮，他才攻入个人拜仁生涯的德甲首球，帮助球队主场击败弗赖堡。由于极不适应前腰位置，范加尔开始打磨克罗斯的“中场万金油”属性，先后让他尝试中前卫、左前卫、左边锋、后腰等四个位置，频繁换位令他苦不堪言。上半场联赛结束前，他更陷入伤病。经教练组讨论后，大家一致同意将他固定在中前卫位置。

整个2010-11赛季，克罗斯为拜仁在各项赛事出场37次，打进2球并送出8次助攻。2011-12赛季，恩师海因克斯接任拜仁主帅，希望将克罗斯打造成全能攻击型中场。新季初期，克罗斯的位置在左前卫与前腰之间频繁切换。为给克罗斯腾出空间，海因克斯甚至不得不让穆勒和罗本坐冷板凳，此举也招致德国媒体的批评。尽管海因克斯是克罗斯的引路人，但对他的过度溺爱似乎延缓了这位中场新星的发展。经历半个赛季的争议后，海因克斯最终遵从前任范加尔的意见，将克罗斯固定在中前卫位置。尽管外界批评不断，内向的克罗斯从未争辩——这并非懦弱或软弱，而是他对自身足球风格的坚持与自信。

该赛季克罗斯代表拜仁各项赛事出场51次，打进7球并送出惊人的19次助攻，并带领球队时隔两个赛季再度杀进欧洲决赛。

进入2012-13赛季后，随着世界名帅瓜迪奥拉的到来，技术细腻的克罗斯被彻底改造为组织型后腰。瓜帅对球员技战术能力的严苛要求众所周知——而稳定可靠的克罗斯正是他最值得信赖的选择。然而即便获得瓜帅赏识，在拜仁高层眼中他仍未达到“世界级”水准。因此球队拒绝了他续约的请求。既然得不到认可，克罗斯便决心用行动证明自己的价值。

整个2012-13赛季，克罗斯为拜仁各项赛事出场37次，在贡献9球8助攻的同时帮助球队夺得德甲联赛、欧冠联赛和德国杯三座冠军奖杯。

2014年世界杯上，作为德国队场上节拍器的克罗斯驱动着日耳曼战车一路挺进决赛。他高质量的前场定位球屡建奇功——半决赛对阵东道主巴西的比赛堪称载入史册的经典之战：不到半场时间里他就制造4粒进球，“一手缔造”这场令人瞠目结舌的大胜；在巴西球迷的哭泣声中，“热尔曼战车”带着震耳欲聋的轰鸣杀入决赛。

决赛中，在马拉卡纳球场上演终极对决时又是克罗斯策动进攻——格策打入了德国足球在21世纪至今最重要的进球之一！世界杯期间克罗斯贡献两球四助，并入选国际足联最佳阵容及由球迷投票选出的世界杯梦幻阵容。

然而带着世界冠军光环回到拜仁后，克罗斯却依旧遭到管理层忽视——这一次他再也无法忍受拜仁内部森严等级制度，并对格策获得高薪合同心生不满。

2014年夏天，在西甲豪门皇家马德里的正式报价下——税后年薪680万欧元、转会费3,000万欧元——俱乐部成功签下这位中场核心。在马德里首都安切洛蒂与齐达内都无比信任他，并视其为“中场节拍器”。他与卡塞米罗、莫德里奇组成的“典礼中场”，带领银河战舰创造了欧冠三连冠的历史性伟业。