2012年夏天，凭借在热刺的出色表现，莫德里奇以3,500万欧元的身价转会加盟西甲豪门皇家马德里。他在银河战舰的生涯可分为两个时期：第一阶段是在质疑与骂名中奋起反击；第二阶段则是坐镇中路，四年三冠，威名远扬。从出道以来，莫德里奇的每一步都充满挑战，而伯纳乌之旅也不例外。

2012-13赛季，莫德里奇在伯纳乌初期并不顺遂。当时皇马中场三人组稳固如铁，他更多只能作为替补登场。加之该赛季球队内忧外患——主帅穆里尼奥与卡西利亚斯关系紧张，西甲与欧冠双双失利；从赛季中期开始，莫德里奇表现低迷，甚至被媒体评为“西甲最大水货”。然而，拥有艰苦童年经历的莫德里奇选择无惧指责，用实力重新证明自己。在欧冠1/8决赛对阵曼联的比赛中，他攻入一球，并逐渐找回比赛节奏。赛季末，穆里尼奥带着连续三年无缘欧冠冠军的遗憾离任。

进入2013-14赛季，随着世界名帅安切洛蒂上任，加上伊斯科、贝尔等球星加盟，不少球迷认为莫德里奇新赛季恐将沦为冷板凳。但安切洛蒂却选择信任他，并明确表示：“他在我的战术体系中至关重要。”当时皇马前场拥有C罗、贝尔和本泽马组成的BBC组合，中场急需一名能持球推进、改善传球效率的球员——莫德里奇正是最佳人选。整个赛季他各项赛事出场51次，攻入两球并送出9次助攻，在西甲联赛中传球次数高达1,987次，成为队内传球成功率最高的球员。

2014-15赛季，莫德里奇完美融入安切洛蒂体系。他精准的传球、持续的跑动、如魔术般优雅的身姿唤醒了沉睡多年的银河战舰。然而正当他欲更进一步时，伤病再次找上门：2014年欧洲杯预选赛中，他被确诊为左大腿肌肉撕裂，缺席了当年剩余所有赛事。他的缺阵成为皇马22连胜后崩盘、四大皆空的重要原因；而巴萨则在MSN组合带领下所向披靡，横扫欧洲并斩获三冠王——皇马球迷这才真正意识到莫德里奇对球队的价值。

2015-16赛季，皇马名宿齐达内接任主帅，并启用卡塞米罗担任后腰。巴西“胖虎”镇守中路后，莫德里奇得以释放更多精力专注于前场进攻。在典礼三中场与BBC完美配合下，“银河战舰”再度卷土重来，在欧冠决赛对阵马竞时首发出场打满全场，并帮助球队通过点球大战取胜夺冠——这是皇马队史第11座欧冠奖杯，也开启了称霸欧洲的时代。凭借该赛季表现，莫德里奇首次入选国际足联年度最佳阵容。

接下来两个赛季，在莫德里奇作为中场核心的带领下，皇马欧冠高歌猛进：拜仁、尤文图斯、巴黎圣日耳曼、利物浦等欧洲顶级豪门悉数败北。莫德里奇也连续三年入选欧冠最佳阵容——从边缘替补到战术核心，在伯纳乌球场上默默耕耘、谦逊拼搏、气定神闲指挥进攻、三夺欧冠创造历史……这一切足以赢得全场球迷最热烈的掌声。