2005年夏天，拜仁慕尼黑在与皇马、曼联、切尔西等欧洲豪门的激烈竞争中脱颖而出，成功签下当时年仅15岁的克罗斯。彼时，克罗斯的母队罗斯托克与拜仁达成协议，允许他留在罗斯托克完成中学学业，随后正式加盟拜仁青年队。然而，仅仅一个赛季后，这位少年便因天赋异禀被破格提拔至一队。新一赛季开赛时，时任拜仁主教练希斯菲尔德便公开表示将给予克罗斯充分表现机会——毕竟，在众多德国足球专家眼中，克罗斯无疑是一位不折不扣的天才球星。人们纷纷期待，这位17岁的小将未来必将成为日耳曼足球的新一代巨星。

2007-08赛季，在拜仁慕尼黑对阵科特布斯的德甲联赛中，克罗斯于第72分钟替补罗伯托登场。尽管身边都是超级球星，但17岁的他并未显露出新人的青涩。相反，他从容不迫地接过里贝里的指挥棒，将拜仁中场梳理得井井有条。科特布斯的后防线在他面前不堪一击，一次次被他的突破与传球撕破。仅在20分钟出场时间内，克罗斯便在相同位置两次助攻克洛泽破门——这是他职业生涯首次亮相，却已展现出令人侧目的才华。赛后，克洛泽如此评价这位小师弟：“在训练中我就为他的天赋惊叹；而今天他在赛场上证明了自己的天赋——克罗斯的前途不可限量！”

2008年夏天，在度过自己18岁生日不久后，克罗斯便与拜仁正式续约，签下一份为期4年的职业合同。彼时，在德国足坛，他已经被视为国家队未来的领军人物。此前，在U17世青赛中，他以德国青年队队长身份率队勇夺世界杯季军——7场比赛中贡献5球4助攻，并以26%的得票率力压尼日利亚新星李桑托斯摘得赛事金球奖；同时以5球荣获铜靴奖。《德国踢球者》杂志甚至如此评价：“德国足坛很久没有出现过如此有天赋的前腰球员了——克罗斯让大家想起了当年的舒斯特尔。”

虽然在当赛季剩余比赛中克罗斯再无建树，但那场比赛已基本为其拜仁生涯定调，并被列为重点培养对象。此外，在欧洲联盟杯比赛中完成欧战首秀后，他在6次出场中打入一球并送出两次助攻——这更坚定了拜仁将他培养为巨星的决心。

有趣的是，在拜仁培养球星的模式中分为两类：一类是如穆勒、施魏因斯泰格那样自始至终效力球队、融入球队DNA的“基石型”球员；另一类则是如拉姆、赫伊别尔那样发现天赋后转租他队磨练的“外放型”球员。而克罗斯则属于后者——而后续的一次租借，则堪称他职业生涯乃至人生中最重要的一次选择，并由此彻底走上巨星之路。

2008-09赛季为争取更多上场机会，克罗斯选择租借至德甲老牌劲旅勒沃库森一年半。在当赛季德甲联赛第28轮比赛中，他打入个人德甲生涯首球；之后在德国杯决赛中替补登场——可惜勒沃库森最终以0:1负于云达不来梅无缘冠军。整个赛季代表勒沃库森出场13次仅进一球、助攻一次。当时或许无人能想到：下个赛季的克罗斯将以火箭般的速度飙升。

2009-10赛季开打前，“传奇名帅”海因克斯接替拉巴迪亚执掌教鞭——他也成为克罗斯生涯最重要的教练之一。海因克斯无比珍视克罗斯身上卓越的天赋，并给予其充分信任和宽松的比赛空间。彼时海因克斯为他量身定制了四个位置：中前卫、攻击型前卫、左边锋、左前卫；但经过几场试验后老帅发现：**左翼**才是最适合他的位置。

2009年12月及2010年1月期间，克罗斯连续两月被《德国足球杂志》评选为当月最佳球员，并连续三周当选单轮最佳——他也成为德甲历史上首位获此殊荣的球员！而那一年的他才刚满20岁。

在2009-10赛季中，克罗斯共出战33轮比赛贡献9球+12助攻（单季造20球），正式向巨星之位发起冲击。