1999年，20岁的米利托正式转会加盟阿根廷联赛的阿维亚内达竞技俱乐部，从此开启了自己的职业生涯。有趣的是，米利托出自竞技青训营，而他的弟弟“小米利托”则出自死敌独立队的青训营。兄弟俩从接触职业足球的第一刻起，便站在了对立面上——一旦踏上绿茵场，他们便六亲不认，甚至大打出手。然而在场下，二人依旧亲密无间。从1999年到2003年的四年间，阿维亚内达德比也被布宜诺斯艾利斯当地球迷戏称为“米利托兄弟德比”。但每当比赛哨声响起后，赛后却有媒体拍到兄弟二人有说有笑地一同前往餐厅吃饭的画面——或许这就是职业足球与兄弟之情的真正定义。

在2002-04这两个赛季，米利托代表阿根廷内达竞技在阿甲联赛中出场53次，个人打进24球并送出13次助攻，逐渐在阿根廷赛场打出名堂。他的出色表现吸引了欧洲俱乐部的关注。2004年冬窗，意大利老牌劲旅热那亚向时年24岁的米利托抛出了橄榄枝。彼时登陆欧洲足坛是许多南美球员的梦想，对米利托而言也不例外。尽管热那亚当时身处意乙联赛，并非顶级豪门，但他依然义无反顾地选择加盟“施救军团”。初登亚平宁半岛的米利托迅速锻炼出均衡的身体素质，在比赛中几乎无明显弱点；同时稳定的精神属性也让他在场上场下都展现出极高的职业素养——这成为他日后称霸意甲的重要基础。

在03-04赛季下半程，米利托凭借出色的适应能力完美融入热那亚的战术体系。在热那亚战胜卡利亚里的比赛中，他上演帽子戏法；随后代表球队出战的21场意乙比赛里，他狂进12球并送出6次助攻，稳坐球队主力中锋之位。进入04-05赛季后，米利托以稳定输出帮助热那亚以76分积分成功重返意甲联赛。整个赛季他出场39次、攻入21球并贡献5次助攻——数据堪称完美。然而遗憾的是，新赛季热那亚因深陷假球案被意大利足协重罚降入乙丙联赛。出于职业生涯考虑，米利托无奈与俱乐部解约，并带着不舍告别了热那亚球迷。

2005年夏窗，米利托选择加盟西甲老牌劲旅皇家萨拉戈萨队——此时已年满25岁的他首次站上欧洲五大联赛的舞台。来到伊比利亚半岛后，他延续着出色的进球手感，尤其面对皇马、巴萨、马竞等西班牙传统豪门时表现抢眼——堪称“巨人杀手”。在西班牙国王杯1/4决赛击败巴萨的比赛中，他梅开二度；半决赛对阵皇家马德里时更独中四元！整个赛季他在西甲出场36次、攻入14球，并帮助皇家萨拉戈萨历史性夺得国王杯亚军。

接下来两个赛季里，米利托继续发挥大腿级表现。特别是在06-07赛季中锋位置上火力全开，在西甲出场37次狂进22球，并助球队一鼓作气获得联赛第6名；遗憾的是，在07-08赛季球队不幸降级。不甘心就此沉沦的米利托再度谋求转会——此时重新深入意甲的老东家热那亚再次向他抛出橄榄枝。以租借形式回归熟悉的亚平宁赛场后，“大杀四方”的米利托状态火热：整个赛季31场比赛交出24球6助攻的顶级数据，并帮助升班马热那亚历史性杀入意甲第四名！火热状态也吸引了当时意甲豪门国际米兰的目光。

2009年夏天，在度过一段辉煌旅程后，已过而立之年的阿根廷人终于以2,500万欧元的价格正式转会至国际米兰——登上了欧洲顶级豪门殿堂！值得一提的是与他一同到来的还有老队友莫塔，“双子星”的加盟也成为蓝黑军团之后称霸欧罗巴的重要拼图。