1990年夏天，凭借在巴萨竞技队的出色表现，瓜迪奥拉成功脱颖而出，晋升至巴萨一队。此前在拉马西亚青训营度过的6年中，他经历了各级青年队的锤炼。初登诺坎普的首个赛季，瓜迪奥拉便在各项赛事中代表巴萨出场41次，助力红蓝军团成功卫冕西甲联赛冠军，并帮助球队夺得队史首座欧冠冠军奖杯。当时巴萨阵容星光熠熠，防守端有科曼、拉塞尔，进攻端则有罗马里奥、萨博尼斯，全员皆为巨星，被誉为“巴萨梦一队”（1992-1994赛季）。

此时的瓜迪奥拉已是巴萨队内雷打不动的主力后腰，在克鲁伊夫麾下担任真正的4号球员。他拥有沉着冷静的头脑、极强的想象力与创造力，视野开阔，传球隐蔽且极具穿透性，在攻守两端的串联作用尤为突出。初登职业赛场的瓜迪奥拉迅速赢得各方好评，时任皇马主帅阿尔米多曾感慨：“诺坎普又一颗巨星冉冉升起。”他连续两个赛季助力巴萨蝉联西甲冠军，并实现西甲四连冠伟业——唯一遗憾的是，1994年欧冠决赛中球队以0:4惨败于卡佩罗执教的AC米兰，未能再添一座欧冠奖杯。

时间来到1996-1997赛季，在恩师克鲁伊夫离任后，瓜迪奥拉的核心地位依然稳固。尤其在该赛季，他接过老队长巴克罗手中的队长袖标，正式成为巴萨第一队长。然而，在1997-1998赛季中，瓜迪奥拉因腿筋重伤几乎缺席整季比赛。这次严重伤病也导致他最终落选1998年法国世界杯西班牙国家队大名单。更令人唏嘘的是，范加尔时代的到来标志着这位中场大师职业生涯的谢幕期。

伤愈归来的瓜迪奥拉在1998-1999赛季再次率队卫冕西甲冠军。然而随后的“王者之师”却陷入混乱：2000年夏天，巴萨将核心菲戈出售给皇马；同时另一关键球员里瓦尔多与范加尔矛盾激化至不可调和；瓜迪奥拉独木难支。更糟糕的是球队表现低迷——当时的主席加斯帕特将责任全推给瓜迪奥拉。面对无端指责与压力，在新闻发布会上，瓜迪奥拉宣布自己将离开巴萨。

2000-2001赛季国王杯半决赛对阵塞尔塔的比赛成为他在巴塞罗那的最后一战——那场1:4失利不仅标志着加泰罗尼亚人职业生涯告别主场，也预示着两个无冠赛季的到来。该赛季联赛中巴萨仅排名第四——这也是瓜迪奥拉效力期间联赛成绩最差的一次。

离开熟悉的家、离开他曾是“国王”的城市后，在为巴萨效力的11个赛季里，瓜迪奥拉共出场386次、打入11球并贡献24次助攻；期间帮助球队斩获6次西甲冠军、1座欧冠冠军、2次国王杯冠军、4次西班牙超级杯冠军、2次欧洲超级杯冠军以及1座欧洲优胜者杯冠军。

回顾其在巴萨生涯：作为克鲁伊夫亲传弟子，瓜迪奥拉具备出色的大局观与控场能力。他能根据场上形势合理分配球权、指挥进攻——无论是从中路还是边路发起攻势；其长传精准度极高，是球队快速反击的重要武器。尽管身体条件并不突出甚至偏瘦削，但他防守意识极佳，并常凭借预判能力有效阻截对手进攻。作为荣誉满身的中场核心，在巴萨史上最佳十一人阵容中他也位列其中。